Para configurar un descuento fijo o en porcentaje según la pasarela de pago elegida debemos dirigirnos desde nuestro usuario "Gestor de tienda" a WooCommerce > Descuento por pago.

Allí veremos todos los métodos de pago configurados (o por configurar) de nuestra tienda, y podremos indicar un monto fijo o en porcentaje de descuento para aplicar sobre la pasarela elegida.

En la columna "Amount" debemos colocar el monto fijo o el porcentaje de descuento a aplicar mientras que en la columna "Discount Type" si es fijo o en porcentaje.

En el ejemplo de la captura se estaría aplicando un 10% de descuento sobre los pagos realizados por Transferencia Bancaria.

Hacemos click en "Save Changes" para aplicar efectivamente el descuento.

En el checkout lo veremos de la siguiente forma.